مدیریت تلفیق منابع آب‌های سطحی و زیرزمینی امری مهم به ویژه در حوضه‌های آبریزی است که تبادل قابل ملاحظه‌ای بین منابع سطحی و زیرزمینی وجود دارد. برآورد قابل اعتماد بیلان آبی کل حوضه و برآورد قابل استناد نوسانات هیدرولوژیکی منابع آب‌های زیرزمینی و سطحی مستلزم بررسی ارتباط آب‌های سطحی و زیرزمینی است. هدف این پژوهش ساخت مدل شبیه‌سازی است که بتواند سیستم جریان آب‌های زیرزمینی و روابط متقابل آب‌های زیرزمینی و سطحی را نیز شبیه‌سازی کند. به همین جهت شبیه‌سازی جریان آب‌های زیرزمینی توسط مدل سه‌بعدی مادفلو و به کمک بسته آبخوان- رودخانه انجام شد. ابتدا مدل شبیه‌سازی حالت ماندگار برای نمایش وضعیت میانگین سالانه تهیه شد. سپس با استفاده از آن مدل از مهر 1387 تا شهریور 1388 در حالت غیرماندگار در 12 دوره تنش واسنجی و پس از بهینه‌سازی پارامترهای هیدروژئولوژیکی مدل برای دوره زمانی از مهر 1388 تا شهریور 1389 صحت‌سنجی شد. پس از رسیدن به این نتیجه که مدل می‌تواند جریان آب‌های زیرزمینی دشت را شبیه‌سازی کند از آن به عنوان ابزار مدیریتی برای بررسی سناریوهای مختلف مدیریتی شامل افزایش برداشت آب از آبخوان،‏ کاهش تغذیه ناشی از خشکسالی و کاهش تغذیه به‌دلیل ترسالی استفاده شد و روابط آبخوان دشت دوسلق و رودخانه کرخه در تمام سناریوها با استفاده از بسته بیلان بخشی بررسی شد.