آگاهی از وضع کیفی آب و تغییرات زمانی آن در مدیریت پایدار منابع آب از اهمیت ویژه‌ای برخوردار است. این پژوهش به ارزیابی روند تغییرات بلند‌مدت کیفیت آب رودخانه چهل‌چای استان گلستان می‌پردازد. برای انجام پژوهش،‏ از داده‌های ثبت شده کیفیت آب در ایستگاه هیدرومتری لزوره واقع در خروجی آبخیز چهل‌چای از سال 1355 تا 1387 استفاده شده است. دوازده متغیر کیفی آب جهت تجزیه و تحلیل انتخاب شد. برای بررسی روند متغیر‌ها از روش‌های آماری ناپارامتریک (آزمون من-کندال و کندال فصلی) استفاده شد. نتایج نشان داد که،‏ هفت متغیر (سدیم،‏ کلرید،‏ SAR،‏ سولفات،‏ پتاسیم،‏ EC و TDS)‎ روند افزایشی معنادار دارند،‏ چهار متغیر بدون روند هستند و تنها یک متغیر (بیکربنات) روند کاهشی معناداری دارد. روند افزایشی متغیر‌ها و تنزل کیفیت آب رودخانه چهل‌چای را می‌توان ناشی از عواملی نظیر تغییر کاربری اراضی،‏ فرسایش خاک،‏ و ورود زائدات ناشی از فعالیت‌های انسانی به رودخانه دانست. مطالعه تغییرات کاربری در آبخیز چهل‌چای در چهار دهه گذشته نیز حاکی از تبدیل 2537 هکتار از مناطق جنگلی به اراضی کشاورزی است. همسو بودن روند تغییرات کاربری اراضی با تغییرات داده‌های کیفیت آب موید تأثیرات احتمالی آن بر خصوصیات کیفی آب است. نتایج این پژوهش،‏ نیاز مبرم به اقدامات مدیریتی برای کنترل منابع آلاینده در این آبخیز را نشان می‌دهد.