در بسیاری از مناطق آبیاری، سطح ایستابی کم عمق باعث ایجاد مشکلات ماندابی و شوری می‌شود که برای کنترل این وضعیت، از سامانه زهکش‌های زیرزمینی استفاده می‌گردد. در اکثر مواقع این زهکش‌ها مقدار زیادی از آب و نمک را به محیط تخلیه می‌کنند که برای جلوگیری از این حالت، لازم است زه‌آب‌ها را مدیریت کرد. پژوهش حاضر روی یک مدل فیزیکی و برای فاصله‌های 1.4، 1 و 0.6 متر و عمق‌های 0.4، 0.3 و 0.2 متری لوله‌های زهکشی انجام گرفت. اندازه‌گیری از دبی خروجی، شوری زه‌آب، شوری آب زیرزمینی و تراز سطح ایستابی نسبت به زمان انجام شد. سپس با استفاده از روش تحلیل پویایی سیستم که یک روش شبیه‌سازی به‌صورت شی‌گرا و مبتنی بر روابط بازخورد است، کیفیت و کمیت زه‌آب خروجی، کیفیت آب زیرزمینی و تراز سطح ایستابی نسبت به زمان شبیه‌سازی شد. اطلاعات حاصل از شبیه‌سازی با مقادیر اندازه‌گیری شده مقایسه شد و ضریب همبستگی برای دبی خروجی، شوری زه‌آب، تراز سطح ایستابی و شوری آب زیرزمینی حالت‌ آزمایشی (فاصله زهکش‌ها: 1.4 متر و عمق: 0.4 متر) به‌ترتیب 0.75، 0.92، 0.98 و 0.97 به دست آمد. همچنین مقادیر شاخص آماری RMSE برای پارامترهای فوق به‌ترتیب برابر با 0.1875 میلی‌متر بر دقیقه، 0.1684 دسی‌زیمنس بر متر، 0.0081 متر و 0.0825 دسی‌زیمنس بر متر به دست آمد که این امر نشان می‌دهد نتایج شبیه‌سازی از دقت بالایی برخوردارند. بررسی تجمعی کمیت و کیفیت زه‌آب خروجی از زهکش‌ها نشان داد که با افزایش عمق و فاصله زهکش‌ها، حجم و مقدار نمک خروجی افزایش می‌یابد.