تصمیم‌گیری‌های دقیق با در نظر گرفتن عدم قطعیت‌ها در برنامه‌ریزی مدرن منابع آب منجر به حصول نتایج واقع‌بینانه‌تری شده که تأکید بر اهمیت برآورد عدم‌قطعیت مدل‌ها در مطالعات مربوطه نیز می‌باشد. در این تحقیق، از فیلتر کالمن همادی توأم (JEnKF) برای برآورد و کاهش عدم‌قطعیت در یک مدل مفهومی هیدرولوژیکی بارش رواناب جهت مدل‌سازی حوضة بهشت‌آباد در استان چهارمحال و بختیاری برای سال‌های 1385-1380 استفاده‌ شد. مدل مفهومی مورد استفاده، مدل HyMod بوده که با توجه به خصوصیات حوضه، زیرمدل ذوب برف نیز به آن اضافه ‌شد. کارایی این روش در پیش‌بینی جریان، توسط معیار RMSE در مقادیر دبی طبقه‌بندی‌شده در چهار دسته متمایز با نتایج روش جستجوی بهینه سراسری SCE ارزیابی شد. نتایج نشان داد که به‌روزرسانی متغیرهای حالت، خطای پایین‌تری را در هر یک از دسته‌های مختلف جریان و به‌خصوص جریان‌های پایه ارائه می‌دهد. مقدار کاهش خطای روش JEnKF در مقایسه با روش SCE در دورة واسنجی 1383-1380 از حداقل 18 درصد تا حداکثر 63 درصد تغییر کرد؛ این رقم برای دورة صحت‌سنجی بین 7 تا حداکثر 73 درصد بود. در پایان، عدم‌قطعیتِ پیش‌بینی مدل در دو شرایط مختلف، یکی شرایط عدم‌قطعیت ناشی از (فقط) پارامترها و دیگری، شرایط عدم‌قطعیت ناشی از اجزای مختلف مدل، شامل پارامترها، متغیرهای حالت و خروجی‌ها با هم مقایسه شد. نتایج این بررسی، حاکی از پوشش بهتر داده‌های مشاهداتی در شرایط دوم توسط عدم‌قطعیتِ پیش‌بینی مدل بود.