کیفیت منابع آب زیرزمینی، با توجه به لزوم بهره‌برداری و نوع مصرف، از اهمیت ویژه­ای برخوردار است. آبخوان­هایی که در مجاورت آتشفشان­ها واقع شده­اند، تحت ‌تأثیر این منابع، رفتارهای مختلفی از خود نشان می‌دهند. این نوع آبخوان‌ها بسیار آسیب‌پذیر هستند و کیفیت آب آن­ها، تحت تأثیر منابع آلاینده­های آتشفشانی قرار دارد. در این پژوهش وضعیت کیفی آبخوان خاش تحت‌تاثیر کوه آتشفشان تفتان، در بخش جنوبی مورد تحلیل کیفی شده است. بدین منظور با استفاده از نمونه‌برداری کیفی از چاه‌های منتخب منطقه از مدل MT3D برای شبیه‌سازی کیفی آبخوان در طول یک دورة 5 ساله برای دو پارامتر کیفی TDS و سولفات استفاده شد. بررسی نتایج مدل آبخوان نشان داد که بخش جنوبی آبخوان تحت‌تأثیر جریانات تغذیه‌کنندة زیرزمینی از بخش شمالی بوده که از ارتفاعات تفتان سرچشمه می‌گیرد. این جریانات تغذیه‌کنندة زیرزمینی باعث انتقال املاح و افزایش غلظت دو پارامتر کیفی TDS و سولفات می­شود که در مدل کیفی، MT3D نیز حاکی از این موضوع است. نتایج شبیه‌سازی کیفی نشان داد که در بخش جنوبی آبخوان غلظت TDS بیش از 12% و غلظت سولفات 30% افزایش داشت. این افزایش علاوه بر عدم مدیریت بهره‌برداری، وجود جریانات زیرزمینی را نیز نشان می‌دهد که باعث تشدید وضعیت دخالت انسانی شد. بررسی‌ها نشان داد که میزان گاز در منابع آب زیرزمینی در بخش شمالی آبخوان بالا و این افزایش سبب اسیدی شدن منابع آب زیرزمینی منطقه نیز شد.