نیاز روزافزون به منابع آب جدید و نیز محدودیت منابع آب، باعث افزایش برداشت غیرمجاز از منابع آب زیرزمینی شده است. در این تحقیق، برای شبیه‌سازی جریان آب زیرزمینی در آبخوان حوضة مقیطالو از مدل MODFLOW در برنامة GMS استفاده شد. سطح حوضه با یک شبکه سه‌بُعدی متشکل از 2491 سلول در یک لایه با اندازه‌های متغیر 25 تا 150 مترمربع پوشش داده شد. مقادیر پارامترهای آبخوان با استناد به مطالعات زمین‌‌شناسی و ژئوالکتریک و لوگ چاه‌های شناسایی منطقه تعیین شدند. موقعیت حوضه، لایه‌های سطحی زمین و سنگ بستر و منابع تخلیه و تغذیه با استفاده از نرم‌افزار GIS تهیه و بعد از پردازش وارد مدل شدند. نتایج شبیه‌سازی نشان داد که در حالت ماندگار، دریاچه ارومیه آبخوان را تغذیه می‌کند و در حالت غیرماندگار، زهکشی از آبخوان بعد از گذشت 9 ماه از سال آبی به تغذیه آبخوان از دریاچه تبدیل می‌شود و اجرای مدل برای سال‌های 75-74 و 89-88 تأثیر تراز دریاچه را بر تغذیه و تخلیه آبخوان به خوبی نشان داد. نتایج شبیه‌سازی با وجود اطلاعات کم از منطقة مورد مطالعه موفقیت‌آمیز بود و تأثیر تغییرات تنش‌ها به خوبی نمایش داده شد.